明末，因天灾人祸宫内庙宇破败。至清初，东宫侍读范养民登岳隐居修道，在莲花坪构复庵养性，与复社名士顾炎武、王宏撰结为方外友，以研究理学为掩护，商讨反清复明大计，并捐资重修镇岳宫，镇岳宫才有了一定规模。

清光绪年间又作了建筑上的进一步完善。民国二十六年（1937）华阴人、著名的书画家石磊园先生又捐资添筑楼房三间，扩大了镇岳宫的建筑规模。由于几经修葺，宫回廊曲径，幽静典雅，加之宫内有充满神秘色彩的玉井，更令游客向往留恋。现存建筑均为清末和民国初年所建。

1982年华山道教协会再次对其部分建筑进行修缮，并扩建了殿堂。宫内现有正殿三间，内供奉西岳大帝少昊金天氏塑像，宫后石壁上有一药王洞，内奉药王神位，两侧楼阁共计五十余间，是登香客游人憩栖的理想场所。

玉井

镇岳宫中有井，名曰玉井，深达30余米，水味甘醇，井上筑楼。应传说此井与山下玉泉院内的玉泉相通，且生长过千叶白莲，故金大定已亥年（1179）时曾在宫前建有玉井楼，并立碑以记其事。明万历年间楼还在，巡抚、陕西监察御使龚懋贤在楼前又题真源碑一通。

《李攀龙记》中有“在上宫前五尺，水行上而潜于下”的记载。传说当年唐玄宗之妹金仙公主于华山修道时，早起汲水洗头，不慎将一把玉簪掉入井中，第二天返回“仙姑观”到玉泉院洗手时从水中拣到了玉簪。据《三才图记》，玉井“可十丈，国经半之”。

《华岳志》有“玉井生千叶白莲，服之可羽化”。韩愈写《古意》诗称道：“太华峰头工井莲，开花十丈藕如船。冷比雪霜甘比蜜，一片入口沉疴痊。我欲求之不惮远，青壁无路难夤缘。安得长梯上摘实，下种七泽根株连。”

明朝范守已也观看过玉井，并写《观玉井》诗一首：“玉井穿何岁，源通大液津。藕藏十丈种，花发几千春。古瓷银床冷，澄波玉体新。令人思太乙，莲叶卧高真。”